โรงเรียนราชินีบนบริหารจัดการศึกษาตามแนวคิดชุมชนแห่งการเรียนรู้ทางวิชาชีพเพื่อยกระดับสมรรถนะครูตามมาตรฐานวิชาชีพและจรรยาบรรณวิชาชีพ โดยมีจุดมุ่งหมายร่วมกันในการพัฒนาผู้เรียนให้เป็นกุลสตรีไทย ที่มุ่งมั่นพัฒนาตนเองให้มีสมรรถนะพลเมืองไทย ๔.๐ เพื่อสร้างสรรค์สังคมไทยในโลกที่เปลี่ยนแปลงไป ด้วยนวัตกรรมเทคโนโลยีดิจิทัล

ปรัชญาของโรงเรียนราชินีบน คือ “ มีความรู้ คู่วินัย ใฝ่คุณธรรม ”

มีความรู้ หมายถึง การส่งเสริมให้นักเรียน “ ก้าวมั่น ทันโลก ” ด้วยความรู้ความสามารถเต็มตามศักยภาพตามจุดมุ่งหมายของหลักสูตรทั้งเรื่องส่วนตัวและเรื่องสังคม สามารถนำความรู้และประสบการณ์ที่ได้รับไปประยุกต์ใช้ในการดำรงชีวิต ปรับตนให้อยู่ในสังคมได้อย่างมีคุณค่า และมีความสุข

คู่วินัย หมายถึง การอบรมให้นักเรียนเป็นผู้รู้หน้าที่มีระเบียบ และมีความรับผิดชอบสามารถปฏิบัติตามกฎ และข้อบังคับของสังคมได้อย่างเหมาะสม

ใฝ่คุณธรรม หมายถึง การมุ่งเน้นพัฒนาให้นักเรียนเป็นผู้มีคุณธรรม จริยธรรม ด้วยการอบรมสั่งสอน ให้เป็นคนดี มีกิริยามารยาทที่เหมาะสม มีความเป็นสตรีไทยที่ทันสมัย ทันต่อสังคมโลก

มีความรักเทิดทูนสถาบันชาติ ศาสนา พระมหากษัตริย์ มีความสำนึก และร่วมมือในการธำรงรักษาวัฒนธรรมไทยอันเป็นเอกลักษณ์ของชาติ ตลอดจนเห็นคุณค่า และร่วมอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติสิ่งแวดล้อม

โรงเรียนราชินีบนมีการบริหารงานโรงเรียนตามแนวปรัชญาดังกล่าว ซึ่งสอดคล้องกับนโยบายการจัดการศึกษาตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พุทธศักราช ๒๕๔๒ และที่แก้ไขเพิ่มเติม(ฉบับที่ ๒) พ.ศ.๒๕๔๕ และหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๕๑ โดยโรงเรียนได้วางแนวดำเนินการที่จะพัฒนานักเรียนให้คิดเป็น ทำเป็น แก้ปัญหาได้อย่างมีเหตุผล ทันต่อโลก ทันต่อเหตุการณ์ ใฝ่รู้ รักการค้นคว้า แสวงหาความรู้ด้วยตนเองอย่างต่อเนื่อง โดยมีทักษะในการติดต่อสื่อสารสามารถใช้สื่อเทคโนโลยี และข้อมูลสารสนเทศเพื่อการศึกษา และการเรียนรู้ควบคู่ไปกับความมีคุณธรรม จริยธรรม และคุณลักษณะอันพึงประสงค์

จุดเน้น และจุดเด่น ของโรงเรียนราชินีบน ที่เป็นที่ประจักษ์ และยอมรับแก่บุคคลทั่วไป และสังคม คือ โรงเรียนราชินีบนเป็นสถานศึกษาที่มีการส่งเสริมให้นักเรียน “ มีความรู้ คู่คุณธรรม งามล้ำกุลสตรีไทย ”